【科研】人类细胞外囊泡miRNA表达的更新数据库

张明 2025-11-20

细胞外囊泡（Extracellular Vesicles, EVs）来源的miRNA作为细胞间通讯的关键介质，已在多种生理过程及疾病发生发展中被证实具有重要调控功能。然而，当前已建立的EV miRNA相关数据库普遍存在数据更新滞后、样本来源多样性有限以及整合分析工具匮乏等问题，限制了该领域的深入探索与应用转化。近期

细胞外囊泡（Extracellular Vesicles, EVs）来源的miRNA作为细胞间通讯的关键介质，已在多种生理过程及疾病发生发展中被证实具有重要调控功能。然而，当前已建立的EV miRNA相关数据库普遍存在数据更新滞后、样本来源多样性有限以及整合分析工具匮乏等问题，限制了该领域的深入探索与应用转化。

近期，四川大学华西医院郭安源/雷倩团队在Nucleic Acids Research发表了题为“EVmiRNA2.0: an updated database for miRNA expression in

comprehensive human extracellular vesicles”的研究论文，该研究推出 EVmiRNA2.0 (http://guolab.wchscu.cn/EVmiRNA2.0)，这是一个更新且显著扩展的资源，具有丰富的数据和增强的功能。四川大学华西医院郭安源教授和雷倩副研究员为共同通讯作者，四川大学华西医院博士后谢贵燕、博士研究生宋丹丹和罗涛为并列第一作者。

EVmiRNA2.0整合了来自45种来源、143类疾病的7,254个EVs小RNA测序样本。与上个版本EVmiRNA相比，EVmiRNA2.0主要有以下改进：（i）样本量从462个扩展到7,254个，数据量提升了15倍；(ii)新增了在线差异表达分析功能，可根据project、EV subtype、sample source 或 disease stage/treatment 灵活筛选与比较；(iii)增强的miRNA检索功能，可实现跨组织、跨体液与跨细胞类型的miRNA表达谱的检索，并融合功能注释、靶基因预测及药物交互信息等深度解析模块；(iv)支持原始表达数据和分析结果的下载。凭借其丰富的数据和用户友好的网页界面，EVmiRNA2.0将为EV领域研究者探索EVs衍生的miRNA的表达和功能提供宝贵的资源。

图1.EVmiRNA2.0的内容、架构和功能概述

一、7,000+样本集成，数据能量全面进阶

EVmiRNA2.0全新整合了7,254个人源细胞外囊泡小RNA测序数据集，涵盖371个项目、45种样本来源和143类疾病类型，是目前最全面的EV miRNA数据库（图2A）。所有样本依据来源被划分为组织、体液和细胞三大类，其中体液样本占比最高。细胞来源样本则包括原代细胞和细胞系，以干细胞和肿瘤细胞系为主（图2B,C）。此外，EVmiRNA2.0还引入了基于器官系统的疾病分类框架，便于用户在多种疾病背景下进行更具生物学意义的比较与分析。

图2：EVmiRNA2.0 数据分布概览

二、在线分析+功能注释，一站式探索EV miRNA

EVmiRNA2.0新增了一站式在线差异表达分析模块，用户可在任意项目页面便捷发起分析，通过自定义分组、显著性阈值及校正方法实现灵活比较（图3）。系统将自动生成火山图、热图及差异miRNA结果表等可视化输出，帮助研究者高效识别特定条件相关的EV miRNA表达特征。EVmiRNA2.0还新增了跨来源miRNA表达谱展示功能，系统性呈现组织、体液和细胞来源EV中miRNA的平均表达水平，支持用户进行跨来源对比与特定条件下的表达模式探索。此外，数据库在每个miRNA页面整合了功能注释、TCGA泛癌表达、靶基因验证及药物交互信息，助力研究者深入解析EV miRNA在多种生理与病理过程中的作用。

图3：EVmiRNA2.0网站界面及功能概览

参考文献：

EVmiRNA2.0: an updated database for miRNA expression in comprehensive human extracellular vesicles, Nucleic Acids Research, 2025, gkaf1054, https://doi.org/10.1093/nar/gkaf1054

内容来源：外泌体之家

责任编辑：展源

审　　核：何发

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